血統理論とは何か・2
まずサラブレッドは（分子遺伝学の研究対象である以前に）投機対象である、という大前提がある。
つまり、血統理論とは投機（＝博打）の理論である。
例えば、『Ａという種牡馬とＢという牝馬を交配すれば、必ずオープン馬が誕生する』
という理論は、遺伝子組替えサラブレッドを競走馬として認めない限りは絶対に成立することはできない。その意味での配合理論など存在しない、というならその通りである。
配合というのは産まれてみなければ目論見通りの産駒が得られるかどうか、は誰にも分からない（厳密に言えば産まれた後でも馴致や調教次第で駄馬にも名馬にもなり得るのだが）ものであり、いわば血統理論とは「サイコロの目を予想する理論である」と言える。
名馬の誕生がもしサイコロのように全ての目が均一の確率であるならば、予想はできないが、実際にサラブレッドの生産において、サイコロのように全く均一の確率で名馬、駄馬が産まれるわけではない。誰しもが経験上分かっていることだろう。
例えば、サンデーサイレンスの産駒はオープン馬になる可能性が高い という理論があったとする。
（これは優性の法則に基づくと推察できる。あくまで仮説に過ぎないが）
この場合、オープン馬になれなかったサンデーサイレンス産駒を「一例」として示すだけでは、この理論は否定できない。
この理論を否定するためには、サンデーサイレンス産駒がオープン馬になる可能性が（他と比べて）低いことを証明しなければ否定は不可能である。
同様に、Ｉ理論を否定するためには、Ｉ理論に基づく評価が現実と全く相関関係がないことを示さなければならない。
つまり、「評価が低いのに走った一例 (テイエムオペラオーやダイタクリーヴァやダンツフレーム等…)」や、「評価が高いのに走らなかった一例
(エイシンリンカーン等…)」だけを示したのでは全く意味がないのである。
また、「評価に恣意が含まれているのではないか」という毎度おなじみの論法もあるようだが、素人が評価判定を下しても８項目全てが一致するわけではないにせよ、大半の馬がほぼＩＫの評価ランクと一致するし、一致しないケースでも１ランク程度の誤差でしかなく、例えば１Ｂの馬を１Ａと判定するようなミスはまずありえない。勿論、過去にＩＫがこのような評価変更を行ったこともない。
話を戻すと、血統理論において遺伝学の法則は、生身の動物を対象とした投機理論であるので十分に参考にすべきではあるが、あくまで血統理論とは投機理論であり、「どうしたらより優れた馬を生産する確率を高められるか」という理論である。
話を整理すると
α…サラブレッドの配合に絶対はない
β…しかしサラブレッドの能力出現の機会は均一ではない
「血統理論を否定する」のはβを否定することであり、ここを理解せず主張を繰り返すのは愚の骨頂である。
繰り返すが、ＩＫの示す評価ランクと出世率等の相関関係に関するデータを全くのデタラメ、まやかしとするならば、 評価ランクがどの程度まで操作変更可能か、 また実際にどの程度操作変更されているのか を具体的に指摘し、その操作変更度合いがデータの有為性を無にするほどのものである、という事実を示す必要がある。
血統理論が「理論の正しさ」や「自然科学的な遺伝の解析手法」で評価されるべき、という考えを持っている人は多いようだが、
そのスタンス自体に問題がある。血統理論の評価尺度は「競馬場での成績」であるべきだ。
また、自然科学の知見で、現在の競走馬の「競馬場での成績」を上げる手法が見つかるとは、到底考えられない。
科学側の未発達さと、人工授精が行えないという科学的には環境が劣悪、という問題もさりながら、「優れた競走馬」というのが「美味い肉や乳」とかに比べて遺伝的な要素として多様すぎる。何より、費用と時間が膨大にかかる。
実際のところ、「この馬はこういう所で性質が劣っているから、こういうトレーニングと飼料配分で補完することが望ましい」といった育成コンサルタント業務で食う科学者が出てくる余地はある。
しかし、遺伝子科学は「生まれる前には分からない」という限界があるから、「配合コンサルタントとしての血統理論」は無くなりはしない。
サラブレッドにおいては、大量生産によるサンプリングが非現実的手法であり、なおかつ単価の高い家畜である、という確たる根拠があるからだ。
むしろ最新の分子遺伝学は、部分的な遺伝子構造を取り出して特定の疾病を除くことなどには適しているが、筋肉や骨格、心肺能力などの総合的な組み合わせを作り上げるものではない。
一方で、サラブレッドというのは、そういう遺伝科学に依存しなくとも、経験則的な配合理論でおおよそ20世紀初頭までには他のあらゆる馬種に対して様々な能力で優越するという程度には改善されてしまった。
サラブレッドの血統を語る時に「科学」をどこまで考慮しなければいけないか、はなはだ疑問だ。しかし、遺伝子情報の解析が種牡馬・繁殖牝馬の選別に貢献することは十分考えられる。
しかし、遺伝的形質が議論に値するのは、単年度周期の環境による変化（ショウジョウバエとかフィンチの研究）か、見えない進化（数１００年単位）の場合に限られる。
家畜であるサラブレッドは単年度での環境変化が乏しいから、数百年単位の見えない進化に遺伝が及ぼす影響があるだけで、３代だろうが９代だろうが１８代だろうが、理論づけて遺伝的形質について語ることは出来ない。いわばすべてが偶然の範疇。
ゆえに、後付はできても必然的予測は出来ない。
「予想」が当たっても全て偶然。これが遺伝学的見地からの血統考察の限界である。